DiskGenius“重建分区表”功能是在原DOS版的基础上重写并增强的功能。它能通过已丢失或已删除分区的引导扇区等数据恢复这些分区，并重新建立分区表。出现分区丢失的状况时，无论是误删除造成的分区丢失，还是病毒原因造成的分区丢失，都可以尝试通过本功能恢复。
分区的位置信息保存在硬盘分区表中。分区软件删除一个分区时，会将分区的位置信息从分区表中删除，不会删除分区内的任何数据。本软件通过搜索硬盘扇区，找到已丢失分区的引导扇区，通过引导扇区及其它扇区中的信息确定分区的类型、大小，从而达到恢复分区的目的。
本功能操作直观、灵活、搜索全面，在不保存分区表的情况下也可以将搜索到的分区内的文件复制出来，甚至可以恢复其内的已删除文件。搜索过程中立即显示搜索到的分区，可即时浏览分区内的文件，以判断搜索到的分区是否正确。
要恢复分区，请先选择要恢复分区的硬盘。选择硬盘的方法有：
1、点击左侧“分区、目录层次图”中的硬盘条目，或硬盘内的任一分区条目。
2、点击界面上部“硬盘分区结构图”左侧的小箭头切换硬盘。
如果仅需要搜索空闲区域，请在“硬盘分区结构图”上点击要搜索的空闲区域。
选择好硬盘后，点击“工具 - 搜索已丢失分区(重建分区表)”菜单项，或在右键菜单中选择“搜索已丢失分区(重建分区表)”。程序弹出“搜索分区”对话框：
可选择的搜索范围有：
1、整个硬盘：忽略现有分区，从头到尾搜索整个硬盘。
2、当前选择的区域：保留现有分区，并且只在当前选择的空闲区域中搜索分区。
3、所有未分区区域：保留现有分区，并且依次搜索所有空闲区域中的已丢失分区。
另外，如果能确信要恢复的分区都是按柱面对齐的，则可以勾选“按柱面搜索(分区按柱面对齐)”选项。这样能提高搜索速度。一般情况下，XP及以前的系统在分区时均是按柱面对齐的，Vista及以后的系统不再按柱面对齐了。
设置好搜索选项后，点击“开始搜索”按钮。程序开始搜索过程。
搜索到一个分区后，本软件立即在界面中显示刚刚搜索到的分区，并弹出下面的提示信息：
此时，如果搜索到的文件内有文件，程序会自动切换到文件浏览窗口并显示分区内的文件列表。用户可据此判断程序搜索到的分区是否正确。可以不关闭搜索到分区的提示。即可在主界面中查看刚刚搜索到的分区内的文件。如果通过文件判断该分区不正确，请点击提示对话框中的“忽略”按钮。如果分区正确，请点击“保留”按钮以保留搜索到的分区。点击保留后，程序不会立即保存分区表(不写硬盘)。继续搜索其它分区，直到搜索结束。有时候对话框中还会有一个“这是一个主分区”或“这是一个逻辑分区”的选项。如果DiskGenius显示的主分区或逻辑分区类型不正确，可以通过勾选此选项进行转换。
搜索完成后，程序弹出下面的提示：
搜索完成后，在不保存分区表的情况下，可以立即利用本软件访问分区内的文件，如复制文件等。甚至恢复分区内的已删除文件。但是只有在保存分区表后，搜索到的分区才能被操作系统识别及访问。
如果想放弃所有搜索结果，请点击“硬盘 - 重新加载当前硬盘”菜单项。